氨是一种有毒物质，在体内需要以安全的方法进行转运和代谢，主要通过以下几种渠道：
在转运方面，有丙氨酸 | 葡萄糖循环和谷氨酰胺的运氨用途。丙氨酸 | 葡萄糖循环主要发生在肌肉和肝脏之间。肌肉中的氨基酸经转氨基用途将氨基转给丙酮酸生成丙氨酸，丙氨酸经血液运到肝脏。在肝脏中，丙氨酸通过联合脱氨基用途，释放出氨用于合成尿素。转氨基后生成的丙酮酸可经糖异生渠道生成葡萄糖，葡萄糖由血液输送到肌肉组织，沿糖分解渠道转变成丙酮酸，第三同意氨基生成丙氨酸，如此就形成了丙氨酸 | 葡萄糖循环。该循环使肌肉中的氨以无毒的丙氨酸形式运输到肝，同时，肝又为肌肉提供了生成丙酮酸的葡萄糖。
谷氨酰胺的运氨用途则是在脑、肌肉等组织中，氨与谷氨酸在谷氨酰胺合成酶的催化下生成谷氨酰胺，此过程需要消耗ATP。谷氨酰胺经血液输送到肝或肾，再经谷氨酰胺酶水解成谷氨酸和氨。在肝中，氨可合成尿素；在肾中，氨以铵盐形式随尿排出。谷氨酰胺的合成与分解是由不同酶催化的不可逆反应，其合成需要消耗能量，这可以看作是氨的储存和运输形式，对保持组织中氨的浓度起着要紧用途。
在代谢方面，氨主要通过鸟氨酸循环合成尿素进行代谢。鸟氨酸循环又称尿素循环，该过程第一是氨和二氧化碳在氨基甲酰磷酸合成酶Ⅰ的催化下，合成氨基甲酰磷酸，此反应消耗2分子ATP。然后氨基甲酰磷酸与鸟氨酸反应生成瓜氨酸，瓜氨酸与天冬氨酸反应生成精氨酸代琥珀酸，精氨酸代琥珀酸裂解生成精氨酸和延胡索酸，最后精氨酸在精氨酸酶有哪些用途下水解生成尿素和鸟氨酸，鸟氨酸可再参与循环。通过鸟氨酸循环，2分子氨和1分子二氧化碳结合生成1分子尿素，尿素是无毒的，可通过肾脏随尿液排出体外，从而解除氨的毒性。除此之外，氨还可以参与合成非必需氨基酸、嘌呤和嘧啶等含氮化合物。比如，氨可以与α | 酮戊二酸结合，在谷氨酸脱氢酶有哪些用途下生成谷氨酸，谷氨酸又可以
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